Основные претензии – это неподтвержденная ресурсная база, выпадающие доходы бюджета и проблемы с подключением к ВСТО. Нефть  и газовый конденсат на завод планируется поставлять с иркутских и якутских месторождений.

Изначально нефть будет поставляться по железной дороге, но завод планирует подключиться к нефтепроводу ВСТО, у которого, по оценкам экспертов «ВНИПИнефть», не будет дополнительной мощности для этой нефти. Для реализации проекта придется или сокращать поставку сырья на Комсомольский НПЗ «Роснефти», или на Хабаровский НПЗ Независимой нефтегазовой компании, проектируемый завод «Роснефти» Восточной нефтехимической компании. 

Также проект Амурского НПЗ предполагает строительство нефтепродуктопровода от завода до пос. Шанэргун в округе Хэйхэ (КНР) с пограничным переходом через реку Амур, так как основная часть продукции Амурского НПЗ будет идти в Китай. Межправительственное соглашение должно быть подготовлено до 1 декабря. У Амурского НПЗ уже подписаны соглашения о поставках с несколькими компаниями, по которым нет информации ни по количеству транспортированной ими нефти, ни по добычи.

По оценке АЭК, внутренняя норма рентабельности НПЗ составляет 37%, а срок окупаемости инвестиций – 3 года. Эксперты ВНИПИнефть заявляют, что окупаемость займет более 26 лет. 

Из-за падения цен на нефть строительство заводов в России сейчас рискованно.